很多因素會影響到組織對認證機構的選擇，以下是幾個常見的情形：
(1)主要顧客建議、要求或指定認證機構；
(2)集團公司統(tǒng)一要求的認證機構；
(3)在本行業(yè)認證中最有名和權威的認證機構；
(4)與本行業(yè)領先組織的認證機構保持一致；
(5)行業(yè)協(xié)會推薦的認證機構；
(6)組織通過某種強制審查時被暗示要求選擇的認證機構；
(7)通過網(wǎng)上查詢到的、認證機構的自我推薦、咨詢機構的推薦或者其他第三方的推薦；
(8)決策者熟悉或有某種關系的認證機構。
目前在認證機構工商局(CNCA)拿到認證資格及通過認證機構技術監(jiān)督局(CNAS)認可的管理體系認證機構有一百三十多家，絕大部分是本土背景的認證機構。
很難說出哪些本土管理體系認證機構有名或者著名，一者他們存在的時間較短，需要通過時間證明與歷史檢驗，二者極少數(shù)機構的不良行為有損了整體應有的形象。
知名度較高的國外在華管理體系認證機構有DNV挪威船級社、BSI英國標準、TV德國萊茵、BV法國必維、SGS瑞士通標等，本書所涉及的四大管理體系他們都可以認證，只不過個別管理體系認證證書的認可方(習慣上也稱為授信方)不是C NAS，而是歐美的比如荷蘭RvA、英國uKAs和美國ANAB等。對于三資企業(yè)或者產(chǎn)品出口型企業(yè)管理體系的認證，選擇外籍認證機構應該是順理成章的。
從多年的認證實踐來看，組織選擇境外認證機構實施管理體系認證的優(yōu)勢主要有以下幾點。
其一，這些機構動輒都有幾十年甚至上百年的歷史，為非政府的民間機構，在全球工業(yè)界和政府間都享有很高的威望，是長期技術、管理、人才、研發(fā)等綜合優(yōu)勢為保證條件下為各國不同組織提供優(yōu)質(zhì)增值服務所造就的和被認同、認可的，單就管理體系認證而言只不過是這些跨國機構業(yè)務的一小部分。
其二，這些機構也是全球許多工業(yè)技術領域的領頭羊，是許多國際間通用工業(yè)技術標準的制定者，也是各IsO管理體系標準出臺前主要參考標準的制定者之一。這些機構由于有歐美總部的技術支持，在各管理體系認證標準的理解、應用與符合性判定方面會更接近各Is0管理體系標準本身的初衷，有利于組織管理體系運行符合性和有效性的持續(xù)提升。
其三，這些認證機構各方面管理比較正規(guī)，認證前期服務、合同簽署、審核安排、審核、費用結算等人員都是分屬不同部門的，不是某個人一竿子管到底的。認證機構及審核人員都有非常明確和規(guī)范的職業(yè)操守，并且能夠嚴格執(zhí)行。最重要的是審核比較嚴謹、規(guī)范，非常注重被審核對象的風險管理水平，特別是對相應法規(guī)標準的切實遵守，如果組織管理水平與風險管理都不理想時，很有可能不會接單，不是只要給錢就一定會通過認證的那種。
所以對于那些想通過管理體系認證而自身管理基礎薄弱甚至連適用法規(guī)遵守有時都成問題的組織，在選擇這些著名的境外認證機構時要考慮清楚。
從認證費用來講，境外認證機構的費用當然要比本土認證機構高一些，不過高出的部分完全可 以被這些品牌所彌補，重要的是除了明交的費用外，組織不需要考慮另外支付任何的其他“額外”費用。
有許多證據(jù)顯示，醫(yī)療、教育等行業(yè)令人惡心的收受紅包的潛規(guī)則也被傳染到認證業(yè)，某些“不良”認證機構審核員在審核時會接受紅包或者組織會被某些人(如類似中介性質(zhì)的人員)暗示給審核員紅包，不然在審核過程中是會有“麻煩的”，正規(guī)的謀求依靠管理體系實施提升管理水平和經(jīng)營業(yè)績的組織決策者是不應該選擇這類認證機構的。
組織選擇管理體系認證機構最好綜合考慮以下原則后做出決定：
(1)顧客原則一般情況下要選擇組織主要顧客要求或者推薦的認證機構；
(2)品牌原則認證機構的名氣、公信、威望越高越好；
(3)專業(yè)原則認證機構對組織行業(yè)越熟悉甚至權威越好；
(4)體系原則認證機構能夠認證的管理體系越多越好；
(5)地域原則認證機構所在地或其分支機構所在地離組織越近越好。
還有一點非常重要，認證費用對于絕大多數(shù)組織來講，就是毛毛雨的事情，如果在這點上還要什么節(jié)約、貪什么便宜，則很可能是選擇一家資質(zhì)不全、能力不夠的認證機構，其后果是非常糟糕的，比如通過其質(zhì)量管理體系審核，到頭來其管理體系文件連起碼的QS審核都過不了關，豈不是荒唐至極?
當然，體系認證委托方(一般情況下就是組織自身)不能與選定的認證機構有認證認可條理規(guī)定的關系，如“認證機構不得與認證委托人存在資產(chǎn)、管理方面的利益關系?！?/p>
接觸選定的認證機構時機應該在體系試運行之前，簽訂認證合同最好在組織確定的初防(第一階段審核)日期的前三個月，因為很多認證機構的審核安排是以三個月甚至更長時段為基準的。
組織可以口頭要求認證機構派遣綜合能力最高的審核員前來審核，如果通過了解知道哪位審核員能力高能夠給組織帶來更大的受益也可以點名要求其前來審核，認證機構會盡量予以安排；反過來，如果通過審核，組織上下一致不認同某位審核員的審核能力、方式或舉止，也可以向認證機構要求以后不要安排此人到組織審核，他們也會滿足這個要求的。
無論組織管理體系的建立過程中有無咨詢機構咨詢、有無外部培訓(如內(nèi)審員培訓等)，均不會影響其實施(第三方)認證審核，國務院《中華人民共和國認證認可條例》第二十條明確規(guī)定“認證機構不得以委托人未參加認證咨詢或者認證培訓等為理由，拒絕提供本認證機構業(yè)務范圍內(nèi)的認證服務，也不得向委托人提出與認證活動無關的要求或者限制條件。”
許多組織的人員對各認證機構的管理部門不熟悉，或者被cNcA、cNAs等簡稱、職能和其頒布的相關文件搞得暈頭轉向，以下做一些簡要說明。
中國國家認證認可監(jiān)督管理委員會(認監(jiān)委，cNCA)是中國認證行業(yè)的最高管理機構，隸屬于質(zhì)檢總局，是認證機構的“工商管理局”，主要職能是審批和頒發(fā)認證資格證書。中國合格評定國家認可委員會(認可委，cNAS)是認證機構的“技術監(jiān)督局”，主要職能是對認證機構業(yè)務能力進行管理，即所謂認可。
